ทางนินเท็นโดยังคงใช้ตลับเกมเป็นสื่อบันทึกเกมสำหรับนินเท็นโด64 ตลับเกมนั้นมีความจุตั้งแต่ 4 เมกะไบต์ จนถึง 64 เมกะบิท การเซฟเกมกระทำโดยการบันทึกข้อมูลลงบนแบ็ตเตอรี่แบ็คอัพแรมในตลับ แต่บางเกมที่ใช้เมมโมรี่การ์ดแยกต่างหาก

การตัดสินใจใช้ตลับเกมเป็นสื่อบันทึกเกมของนินเท็นโด ถือว่าเป็นการตัดสินใจที่ผิดพลาด และเป็นปัจจัยสำคัญที่ส่งผลให้นินเท็นโดพ่ายแพ้ต่อโซนี่ในวงการอุตสาหกรรมเกมคอนโซลในยุคนั้น หลังจากที่เป็นผู้ครองตลาดมาหลายสิบปี ทางนินเท็นโดได้พยายามโฆษณาถึงข้อดีของตลับเกม และข้อเสียของ CD-ROM นินเท็นโดโจมตีว่า เกมที่ใช้CD-ROM นั้นต้องเสียเวลาโหลดนานและโหลดถี่ ต่างกับตลับที่แทบไม่ใช้เวลาในการโหลดเลย เนื่องจากในยุคนั้นเทคโนโลยีหัวอ่านCDยังไม่ก้าวหน้ามากนัก และยังโจมตีว่าเกมจากCDนั้นสามารถก๊อปปี๊ได้ง่าย ต่างจากตลับเกมที่ก๊อปปี๊ได้ยากกว่า นอกจากนั้นCDนั้นยังบอบบางและเสียหายง่าย หากมีรอยขีดข่วนก็อาจจะอ่านข้อมูลจากแผ่นนั้นไม่ได้เลย ต่างจากตลับที่ทนทานกว่า

แต่ตลับเกมก็มีจุดเสียเปรียบที่ทำให้พ่ายแพ้ต่อCD ข้อเสียเปรียบที่สำคัญข้อแรกคือ ตลับเกมมีความจุน้อยกว่าCDมาก ในขณะที่ตลับเกมมีความจุสูงสุดที่ 64 เมกะไบต์[7] แต่CD-ROMมีความจุถึง 650 เมกะไบต์[8] ในขณะที่เกมในยุคนั้นมีการพัฒนาจนซับซ้อนกว่าแต่ก่อน ผู้พัฒนาเกมต้องการพื้นที่ความจุที่มากขึ้นเพื่อจะได้ช่องทางในการสร้างสรรค์มากขึ้น ข้อเสียเปรียบข้อถัดไปก็คือตลับเกมนั้นผลิตได้ยากกว่าและแพงกว่าCD ในขณะที่CD-ROMนั้นผลิตง่ายและต้นทุนไม่สูงนัก ด้วยเหตุผลที่กล่าวมาข้างต้น ทำให้เหล่าผู้พัฒนาเกมหันไปพัฒนาเกมให้กับเครื่องเกมที่ใช้CD-ROMอย่างเพลย์สเตชันหรือเซก้าแซทเทิร์นแทน